«No me acuerdo hasta ahora haberle suplicado cosa que la haya dejado de hacer. Es cosa que espanta las grandes mercedes que me ha hecho Dios por medio de este bienaventurado Santo, de los peligros que me ha librado, así de cuerpo como de alma; que a otros santos parece les dio el Señor gracia para socorrer en una necesidad, a este glorioso Santo tengo experiencia que socorre en todas y que quiere el Señor darnos a entender que, así como le fue sujeto en la tierra (que como tenía el nombre de padre, siendo ayo, le podía mandar), así en el Cielo hace cuánto le pide».
El templo fue construido entre 1717 a 1722, bajo los parámetros de las construcciones coloniales, en su interior alberga la imagen de la Virgen de la Peña, la cual es considerada milagrosa y los peregrinos viajan allí a cumplir con sus promesas.
El 10 de agosto de 1685, Bernardino Rodríguez de León una persona humilde «vio un resplandor muy grande y extraordinario que no era de la luz natural del día», en los cerros Orientales de Bogotá, y al aproximarse descubrió que se trataba de las imágenes de la Virgen María con el Niño en brazos, San José y dos ángeles, todos sobre una roca. Al instante, dichas imágenes se les atribuyeron características sobrenaturales con el argumento de que ningún ser humano hubiera sido capaz trepar esas peñas para pintar sin caerse, y menos aún sin que se supiera de dicho arte en Bogotá, donde no se tenía conocimiento, en aquella época, de la existencia de ningún artista capaz de hacer semejante obra.
La noticia del descubrimiento se propagó por la ciudad y para evitar, ya fuera por el fanatismo o la novelería, el arzobispo Antonio Sanz Lozano le ordenó al vicario general de la Arquidiócesis levantara ante un notario los datos sobre dónde, cómo y en qué circunstancias se había desarrollado el dichoso hallazgo. Oídos todos los testimonios, el obispo da la licencia «el día de carnestolendas de 1686» para la veneración pública de las imágenes y para la edificación de su capilla y altar. La sencilla ermita que se construyó por parte de los devotos, la cual tenía techo pajizo, fue destruida por un terremoto en 1714. Entonces Dionisio Pérez de Vargas, segundo capellán, resolvió levantar una nueva capilla con muros de calicanto y techo de teja, donde celebró la primera misa el 16 de diciembre de 1715, dicha capilla también se vino al suelo también. Sin embargo, el rostro de la Virgen repentinamente se puso triste y lloroso, pero también tuvo simultáneamente reacciones de alegría, sin que se supiera la causa; este suceso que puede verse como sugestión colectiva, dio ocasión para que se creyera que las imágenes debían ser desprendas de la roca o peña y trasladadas al lugar donde hoy se encuentran; por lo cual el 8 de mayo de 1716 se derrumbó la pared del lado derecho de la capilla, desde los cimientos. La capilla solo alcanzó a tener unos 150 días de duración.
A comienzos de junio de ese mismo año, el cantero empezó a separar las imágenes de la piedra fundamental, dejando al final la piedra cortada con un peso de unas 30 arrobas. Con mucha dificultad, pero con gran cuidado, las imágenes fueron bajadas desde la escarpada loma hasta el llano, trabajo que finalizó en noviembre de 1716. Las imágenes fueron recibidas en medio del júbilo popular, con voladores y chirimías, como si se tratara de la Sagrada Familia en persona. Una vez las imágenes ya bajadas, se les edificó una capilla pajiza y el 9 de febrero de 1717 se celebró la primera fiesta en este templo, fecha que puede retenerse como el inicio en firme de la construcción de la segunda capilla, que vino a finalizarse 12 de febrero en 1722.
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