El origen de la advocación se remonta a 1630. Antonio Farías Sáa, un hacendado portugués radicado en Sumampa (actual provincia de Santiago del Estero, Argentina), quiso erigir en su estancia una capilla en honor de la Virgen. Solicitó a un compatriota suyo, residente en Brasil, el envío de una imagen de la Inmaculada Concepción de María. Para una mejor elección, su amigo le envió dos imágenes. En el mes de mayo de 1630, las imágenes de la Virgen llegaron al puerto de Buenos Aires procedentes de San Pablo y, acondicionadas en sendos cajones, fueron colocadas en una carreta.

Luego de tres días de viaje, la caravana a la cual se incorporó la carreta hizo un alto a 5 leguas de la actual ciudad de Luján, en el paraje de Zelaya, para pernoctar en la Estancia de Rosendo de Trigueros.

Al día siguiente, ya dispuestos a continuar la marcha, los bueyes no consiguieron mover la carreta. Después de intentos fallidos, bajaron uno de los cajones y los bueyes iniciaron la marcha sin dificultad. Intrigados por el contenido del cajón, encontraron al abrirlo una imagen pequeña (38 cm de altura) de arcilla cocida que representaba la Inmaculada Concepción. Los creyentes interpretaron el hecho como providencial, y entregaron la imagen para su custodia a don Rosendo de Trigueros, el dueño de la casa ubicada en la actual localidad de Zelaya, del partido del Pilar, a 50 km del actual emplazamiento del santuario. La segunda imagen, que representaba a María con el niño en sus brazos, llegó a destino, y en 1670 se le construyó un santuario donde se la veneró bajo la advocación de Nuestra Señora de la Consolación de Sumampa.

Enterados del hecho en Buenos Aires, muchos vecinos acudieron a venerar la imagen y, al crecer la concurrencia, don Rosendo le hizo construir una ermita donde permaneció desde 1630 hasta 1674.

De hecho hoy existe en aquel emplazamiento, conocido como Lugar del milagro, un convento y una pequeña capilla de adobe y piso de tierra -que puede visitarse- que recuerda a aquella ermita que se erigiera como primer santuario.

Se la llamó la Virgen Estanciera y la Patroncita Morena. Manuel era un pequeño esclavo que venía con la caravana y fue testigo de lo sucedido; viendo su patrón el amor que demostraba a la Virgen, lo destinó al exclusivo cuidado de la imagen, lo que hizo hasta su muerte. Se encargaba del orden en la ermita y de los vestidos de la Virgen, dirigiendo los rezos de los peregrinos. Al fallecer don Rosendo, su estancia quedó abandonada, pero Manuel continuó, con constancia, el servicio que se había impuesto.

Muy preocupada con la “soledad de la Virgen” en ese paraje que hoy es Zelaya, la señora Ana de Matos, viuda del capitán español Marcos de Sequeira y propietaria de una estancia muy bien defendida ubicada sobre la margen derecha del río Luján, no viendo ningún interés por parte de las autoridades civiles y eclesiásticas, le solicitó al administrador de la estancia del fallecido don Rosendo la cesión de la imagen de la Virgen de Luján. Ella le aseguró el cuidado y la construcción de una capilla “digna y cómoda”, facilitando la estadía de los peregrinos. Juan de Oramas, el apoderado, aceptó la oferta y doña Ana de Matos le pagó por la cesión de la imagen.

Feliz de haber logrado su propósito, la instaló en su oratorio, pero a la mañana siguiente, cuando se dirigió ahí para rezar, descubrió con asombro y angustia que la Virgen no estaba en su altar. Al buscarla se la encontró en el “Lugar del Milagro”.

Se creyó en un principio que era el propio Manuel -a quien no habían permitido en un principio acompañar a la Virgen- quien llevaba a la “Patroncita Morena” a su antigua morada. Hasta se lo llegó a estaquear en el piso para que no hurtara la imagen. Sin embargo la imagen seguía “volviendo” a su primer lugar.

Ello ocurrió varias veces hasta que enterado del hecho, considerado milagroso por los católicos, el obispo de Buenos Aires fray Cristóbal de Mancha y Velazco, y el gobernador del Río de la Plata, don José Martínez de Salazar, organizaron el traslado de la imagen, acompañada por doña Ana y Manuel.

En 1886, el padre Salvaire presentó al Papa León XIII la petición del episcopado y de los fieles del Río de la Plata para la coronación de la Virgen. León XIII bendijo la corona y le otorgó Oficio y Misa propios para su festividad, que quedó establecida en el sábado anterior al IV domingo después de Pascua. La coronación se realizó en mayo de 1887.

El primer santuario dedicado a Nuestra Señora de Luján se inauguró el 8 de diciembre de 1763 y en él hicieron profesión de fe y se encomendaron buena parte de los próceres argentinos durante la época de la emancipación: Manuel Belgrano, José de San Martín, Cornelio Saavedra, Domingo French, Nicolás de la Quintana, José Rondeau, Juan Martín de Pueyrredón, Ramón Balcarce, Martín Rodríguez, Estanislao Soler, Manuel Dorrego, y otros líderes y caudillos de la independencia le tributaron el homenaje de su reconocimiento. ​

Al dirigirse al Paraguay al mando de una expedición, Manuel Belgrano se detuvo en Luján varios días, mandó celebrar una misa cantada el 27 de septiembre de 1810 e hizo varias visitas a Nuestra Señora en el camarín. ​

Además de rendirle homenaje por su participación en la gesta de la independencia, Belgrano era recordado con especial afecto por haber residido en Luján durante 1814 y haber consagrado trofeos de guerra a la Virgen de la villa. Entre ellos se cuentan las dos banderas de división realistas arrebatadas por el Ejército del Norte al ejército del general Pío Tristán en la Batalla de Salta, y que Belgrano destinó a Nuestra Señora de Luján en acción de gracias por su protección.

Por la patria al señor presidente y demás señores del I. C. J. y R. de la villa de Luján / General del Ejército Auxiliador del Perú.

Remito a V. S. dos banderas de división, que en la acción del 20 de febrero se arrancaron de la mano del enemigo, a fin de que sirva presentarlas a los pies de Nuestra Señora, a nombre del ejército de mi mando en el templo de ésa, para que se haga notorio el reconocimiento que mis hermanos de armas y yo estamos a los beneficios que el Todopoderoso nos ha dispensado por su mediación, y exciten con su vista la devoción de los fieles para que siga concediéndonos su gracia. Dios guarde V. S. muchos años.
Jujuy, 3 de mayo de 1813. ​

Manuel Belgrano

También el coronel Domingo French fue gran devoto de la Virgen de Luján: ​ la nombró patrona de su Regimiento Nº 3 de Infantería, y le donó dos de las banderas conquistadas en el segundo sitio de Montevideo.

En 1816, luego del cruce de los Andes y de liberar al pueblo chileno, y antes de embarcarse para iniciar su campaña al Perú, el general José de San Martín visitó el Santuario de Luján para encomendarse a Nuestra Señora. En 1823, de regreso de la gesta libertadora volvió a visitar el Santuario de Luján y dedicó a la Virgen María una de sus espadas. ​