Surgió como consecuencia de un rico comerciante llamado don Domingo Gomes de Silva. Que había partido desde Centroamérica a la Ciudad de Los Reyes. Y estuvo a punto de naufragar frente a las costas peruanas. En tal apremio, imploró la intercesión de la Virgen María bajo la advocación de El Carmen, patrona de los navegantes. Prometiéndole con toda la fuerza de su fe que en el primer puerto al que llegara desembarcaría. Y con el producto de la venta de las maderas que traía, le construiría una capilla en su honor.

Y fue precisamente en el Callao. Su santuario de la Reina del Callao está ubicado en un lugar estratégico. En el antiguo camino que unía a la capital peruana con el puerto del Callao, equidistante entre ambas localidades, a una legua del mar. 

Por ese tiempo, tanto los caminos como los medios de transporte eran muy rudimentarios. Entre el Callao y Lima, hace cuatro siglos atrás, no existía la avenida que comunicara aquellas dos poblaciones, en la actualidad totalmente enlazadas una con la otra.

Pero sobre el mismo trazo de dos leguas de longitud existía una vía recta, ancha y polvorienta, dividida por unas tapias hechas de ciclópeos adobes. Era intensamente transitada durante el día por recuas de animales, carretas tiradas por mulos y carruajes aislados o en convoy, llevando a viajeros, mercaderías y minerales.

El agradecido comerciante, que se sentía haber vuelto a nacer, luego del regateo de rigor contrató varias carretas para transportar sus maderas y partió en dirección a Lima. Después de un breve trecho de senda gris y pedregosa, aparecieron a la izquierda del camino las arboledas que bordeaban el río Rímac y el húmedo valle.

Pero no bien llegado al lugar denominado La Legua, los mulos no quisieron dar un paso más, ni para adelante ni para atrás, por más latigazos que recibieron. Ante el inusitado hecho, don Domingo vio en él un designio providencial.
Comprendió que la Virgen deseaba que en aquel punto le erigiera la capilla prometida, cuando en alta mar se viera en tan grande aprieto.

Así, el buen Domingo cumplió en poco tiempo su promesa, levantando a sus expensas una pequeña ermita y mandando traer de España una escultura de la Virgen del Carmen. Aunque no se conoce la fecha precisa de su arribo, se sabe que la imagen llegó al Callao el año de 1606. Y desde que se instaló en su humilde trono de La Legua comenzó a operar sus maravillas.

Partiendo con la expulsión del demonio de la carretera, para consuelo de quienes se atrevían a transitar por ella en las noches. Pues muy cerca existían unas huacas o cementerios indígenas, que servían de plácida guarida al maligno durante años.